Damals wurden die Hälfte der 820 Pfeifen ausgetauscht und viele Details völlig neu konstruiert. Sechs Monate dauerte der Umbau im Jahr 2000 und seitdem betreut Udo Feopentow die Orgel, die in der Zwischenzeit mit einem Zimbelstern ausgestattet wurde. Ein wichtiges Detail, dass hin und wieder zu festlichen Anlässen in der Gemeinde zu hören ist.
Am 28. Dezember 2025 waren Timo Schmidt (Orgel) aus Bad Schwartau und Anna Roth (Bratsche) aus Hannover-List zu Gast in Bergedorf. Sie begleiteten den Gottesdienst und erfreuten die Gemeinde hinterher noch mit einer weihnachtlichen Matinee.
Neuapostolische Kirche